Pramení v oblasti Jihlavských vrchů poblíže obce Jihlávka. Teče nejprve směrem severním, u obce Horní Cerekev se stáčí na východ, od Batelova k severovýchodu. Před jihlavou se řeka velkým obloukem stáčí k jihovýchodu a tento směr si až na kratší úseky udržuje ke svému ústí do Věstonického jezera (VD Nové mlýny I.) na Dyji. Plocha povodí měří 3 004 km2, délka sjížděného toku je 163,6km.

Jihlava je sjízdná z Dolní Cerekve. Na horním úseku je velmi úzká a často meandruje mezi loukami. Břehy většinou lemují stromy. Na středním úseku je již řeka širší, spád se poněkud zvětšuje. Dno má kamenité, častěji se objevují peřeje. Vodácky nejhezčí úsek pod Vladislaví však z větší části zmizel pod hladinou přehrad, které vytvořily jezera o celkové délce 29 km.